之前写过用clusterProfiler做GSEA,enrichplot中的gseaplot作图，但是图没有最新版enrichplot包的gse...
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用clusterProfiler做GSEA（二） -
用clusterProfiler做GSEA（一）GSEA的介绍：https://www.omicsclass.com/article/230GSEA有相应的软件，其实clusterProfil...
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[ht...
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没有生物学重复的转录组数据怎么进行差异分析？设置生物学重复这个环节也是你实验设计很重要的一part，设置的好对你下游分析也有利，通常我们做转录组测序，需要的样本量每组至少为3个生物学重复，...
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转录组入门（8）：差异基因结果注释作业要求 我们统一选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分...
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转录组入门（7）：差异基因分析
作业要求 这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的vo...
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转录组入门（6）：reads计数
作业要求 1.实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。2...
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转录组入门（5）：序列比对作业要求 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主页下载index...
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转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释作业要求 在UCSC下载hg19参考基因组，群主博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，...
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转录组入门（3）：了解fastq测序数据作业要求 需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！作业，理解测序...
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