一、在NCBI上下载rRNA的fasta序列，用于建立索引 1.参考：https://ucdavis-bioinformatics-traini...

phyloseq: 扩增子统计分析利器 phyloseq包对多类型数据的综合软件，并其对这些数据提供统计分析和可视化方法。 介绍   微生物数据...

导读 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“...

导读 多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性的由来、概念、计算，以及展示“...

导读 前面已经介绍了获取菌属相对丰度表的方法，以及多样性分析中的基本概念和计算方法。接下来将开始介绍一种寻找组间差异细菌的常用方法LEfSe。L...

导读 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models，多变量线性回归模型）功能：相关性分析特点：多...

导读 用随机森林“分类”的方法寻找16S测序数据中与分组有关的细菌。 一、数据准备 标准化细菌丰度表格式要求：不用放样本ID；最后一列放分组变量...

注意：这篇教程是作者写于两年前的，但这个领域已经发生了许多变化。如果你是做16s分析的，你可以考虑使用QIIME2[https://docs.q...

背景 宏基因组组装，即把短的reads拼装成连续的序列contig，再根据PE等关系将contig拼装成scaffold。与单个基因组组装不同，...