写在前面 最近碰到点需求，了解一下其他植物的病害和抗性基因，于是检索了生物互作数据库，发现了Phibase和prgdb这两个网站，做个简单...
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【基因组学】PHI生物互作数据库和植物R基因数据库 -
【基因组学】水稻常用基因组数据库介绍水稻常用数据库介绍 近几年随着测序数据量呈井喷式增长，涌现出一大批优秀的数据库。而水稻和拟南芥分别作为植物研究中单双子叶的模式植物，其基...
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【基因组学】从基因组中提取基因序列，一段序列及相应的注释文件
写在前面要让从基因组中获取信息变得像喝水那样简单。 --by zhougengxu 预先准备 我以水稻基因组为例，像大家介绍如何提取序列。...
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【基因组学】好用的基因组学工具jcvi的安装及无root权限安装latex
写在前面 jcvi是福建农林大学的唐海宝老师开发的一款针对基因组处理的高效工具，学好这一个工具可以解决80%以上遇到的基因组学上的问题。 安装j...
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如何用100天完成一篇《细胞》？写在前面 ====================================================== ============...
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复现文章中的基因进化树[MUSCLE+FastTree]写在前面 复现文章中的figure是检验自己是否完全掌握工具的使用最重要的方式，下面我以2019年南京大学杨四海老师发表在PNAS上的文章Lar...
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【基因组学工具】变异注释SnpEff
写在前面在进行基因组学研究中，总避免不了对一些SNP和Indel进行分析，如何去注释它们的，就需要用到SnpEff，SnpEff是一个变异注释和...
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构建某一基因家族的进化树
写在前面绘制某一基因家族的进化树，这是基因组学研究过程中不可缺少的一部分。划分成不同的基因家族的依据一般是其具有某一相同的结构域，下面我将以水稻...
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GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数...
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【脚本搬运工】convert gbff to gff/fasta
写在前面从NCBI下载的注释文件通常是gbff格式的，而我们平时做上游分析用到的大多数为gff或gtf文件，那么这两种格式之间怎么进行转换呢。一...
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