该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似，但速度更快。 purge_dups能够根据read深度分析组装中haplotigs...
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使用Purge_dups去冗余序列
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RNA-seq实战分析流程
一、下载测序数据 ①SRA数据库[存储二代测序的原始数据]②在进行上游分析时，数据格式转换过程概述如下：sra↓FASTQ↓bam↓counts...
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文献阅读-190621- ATAC-seq和转录组拼接相关新方法说明：因为平台限制和平台广告等原因，今后的文章将不在简书更新，请移步并订阅个人博客说明：因为平台限制和平台广告等原因，今后的文章将不在简书更新，...
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基因组注释之从头预测1.创建本地BLAST数据库 使用makeblastdb程序，对上述FASTA格式的蛋白 质序列进行处理，建立本地BLAST数据库。makebl...
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deepTools 的使用（二）质控 Tools for QC plotCorrelation 此工具基于multiBamSummary或multiBigwigSummar...
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第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools学习目标： 探讨ChIP-seq数据质量低的来源 理解链交叉相关性（ strand cross-correlation） 使用phantompe...
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第3篇：用MACS2软件call peaks学习目标： 学会用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的结果 Peak Calling Peak callin...
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「文献02」esATAC: 一个ATAC-seq分析的R包日期：2019年1月13日——2019-Week2分类：「工具」题目：esATAC: An Easy-to-use Systematic pip...
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第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq简介 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high...
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第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC1. 学习目标 讨论ChIP-seq数据质量评估的其他方法 用ChIPQC产生质量统计报告 鉴定低质量数据的来源概览图Additional Qu...
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