High tumor mutational burden (TMB) identifies a microsatellite stable pa...
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探索与高 TMB 相关的免疫结构模式（IF9+） -
bulk RNA-Seq （2）比对到参考基因组欢迎关注Bioinfor 生信云！ 上一篇推文讲了bulk RNA-Seq 的数据清洗部分，接下来就是将清洗后的数据比对到参考基因组上（有参）。...
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bulk RNA-Seq (1) 数据清洗欢迎关注bioinfor 生信云微信公众号！ 今天我们来讲一讲bulk转录组测序的数据清洗部分。 RNA-Seq是技术相对更成熟，应用最广泛，最...
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TCGAbiolinks包报错：“Can't subset columns past the end”
2022年4月，TCGA数据库进行了一次更新，原来的HT-RNASeq数据被替换成了Star-RNASeq，这导致原有的TCGAbiolinks...
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R实战|Nomogram(诺莫图/列线图)及其Calibration校准曲线绘制R实战|Nomogram(诺莫图/列线图)及其Calibration校准曲线绘制 Nomogram，中文常称为诺莫图或者列线图。简单的说是将Lo...
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【哈佛大学：计算生物学 & 生物信息学】学习记录（五）为什么没有（四）？（四）主要说的就是SAM格式，网上一搜就有，就没必要了（五）就草草地记录了Chapter 4.1: RNA-Seq Appli...
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RNA-seq入门实战（三）：从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵本节概览：从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵:读取counts.txt构建counts矩阵；样品的重命名和分组；...
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RNA-seq名词解释（1）
一、基本概念 RNA-seq即转录组测序[https://baike.baidu.com/item/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%...
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GSEA分析
加载需要的包 定义函数：格式化输入数据函数 输入差异表达矩阵生成对基因按照logfoldchange值进行排序的entrez id 定义函数：G...
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十一步带你解构GEO分析常规流程（一）PDAC数据分析-GSE16515-GPL570 致读者语：本人接下来的九篇GEO解析文章将基于此，不断进行迭代，尝试让核心步骤、让图文与让结构...
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