240 投稿
TCGA数据分析
收录了8篇文章 · 25人关注
  • Resize,w 360,h 240
    基因在肿瘤与正常组织中的表达（TCGA）

    今天给大家介绍一款R包：TCGAExpression, 可以检索基因在33种肿瘤组织 vs 正常组织中表达。顾名思义，这个包功能实现是基于TCG...

    1.2 dming1024 2 13
  • R语言提取TCGA数据库clinical.json中的临床信息

    转自“医学统计园”微信公众号。 读入clinical.json文件 计算文件长度n，在这里n为348 初始化变量 利用一个for循环由json文...

    0.9 dming1024 5 12
  • TCGA clinical_data.json中临床信息的提取

    上一次讲解了，如何使用perl脚本进行metadata中分组信息的提取，对于更详细的临床病例信息还需要从clinical_data.json中提...

    0.3 dming1024 1 3
  • 手把手学会TCGA数据分析

    在windows系统上进行TCGA数据的自定义分析，需要： 1，gdc-client，TCGA官网的下载工具专门用来下载TCGA中的数据； 2，...

    0.7 dming1024 2 13
  • Resize,w 360,h 240
    TCGA数据分析（1）

    对TCGA数据分析之前已经介绍过一次，这里把之前的内容整理下。TCGA分析大致可分为以下：1.数据检索与下载2.metadata.json文件解...

    0.3 dming1024 0 2
  • TCGA metadata.json中注释信息的提取

    TCGA数据库中各类癌症的类型缩写，可参考这篇同学的文章：https://www.jianshu.com/p/3c0f74e85825 当我们通...

    0.6 dming1024 0 6
  • TCGA数据分析（3）

    由于下载的TCGA数据，都是独立文件夹。即每个样本，一个文件夹，文件夹下是压缩数据，还需要将所有的数据进行解压，然后将所有的数据进行合并，并提取...

    0.1 dming1024 1 3 1
  • TCGA数据分析（4）

    TCGA数据分析 (1) : 如何从TCGA下载数据TCGA数据分析 (2)：如何从TCGA检索数据TCGA数据分析 (3)：RNA-seq表达...

    0.4 dming1024 0 4

专题公告

对TCGA数据进行分析的一些代码笔记