一：数据准备 自己去下载拟南芥的基因组，gff3，CDS序列，pep文件。 1.根据gff文件获得基因位置信息。 可以自己用awk抓，也可以写个...
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基因家族分析十（基因家族加倍分析） -
用TBtools做物种内共线性分析（仅步骤）主要是参考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我们拿到的是以下的材料 1...
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【比较基因组】共线性分析（MCscanX）前面介绍了WGDI，今天分享另一个工具MCscanX。 MCScanX是另外一个检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数已...
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共线性分析collinearity没有结果使用TBtools做物种间共线性分析的时候，使用A物种基因和拟南芥的基因做共线性分析，得到的collinearity文件只有开头注释内容没有结果...
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物种内共线性圈图绘制本文参考 生信札记[https://www.jianshu.com/u/068665394ccf] 相关内容制作 准备数据： 1.物种内的共线性...
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基因家族专题(3)：基因家族成员的鉴定
Data preparation 继续上次的内容，下载好数据后就可以正式开始鉴定了。首先回顾一下，下载好的数据。 基因组序列信息，存储基因组序列...
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dN/dS (Ka/Ks) 原理及计算方法CONCEPTS In genetics, dN/dS also known asor Ka/Ks, is used to estimate t...
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零基础多物种间共线性分析首先非常感谢Cj大神开发出来的TBtools生信工具，为生信分析做图带来了极大的便利。作为生信小白，在做多物种间共线性分析时，尝试了多种方法，苦...
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【课程笔记】学CJ在腾讯课堂上的基因家族分析1明晰概念 基因是染色体上一段可以发生转录的区域 基因≠CDS 基因应该包括：CDS 内含子 UTR 启动子 可转录的区域是多变的 我们做分析的时...
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什么是共线性(synteny)或同线性(colinearity)？你需要知道：基因组( Genome)：指生物体所有遗传物质的总和。这些遗传物质包括DNA或RNA（病毒RNA）。基因组包括编码DNA和非编码DN...
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