在实战之前，首先对CHIP-seq分析做一些了解，以下是从各个地方copy过来综合起来的，有些散乱，是我认为重要以及应该了解的知识点。chip-...
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ChIP-seq实践（非转录因子，非组蛋白） -
结合CHIP-seq和ATAC-seq结果进行分析上一篇文章里讲到了如何进行ATAC-seq的简单分析（ATAC-seq分析练习）。在文献中（Cell Stem Cell 2017 Nov 2;...
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Chip-Seq&ATAC-Seq 测序分析流程--上游写在前面 这里我将chip-seq&ATAC-Seq的分析分为了上游和下游两个模块，但是都只是介绍了常规的分析流程。因此，在面对具体课题的下游分...
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ATAC-seq分析：教程简介（1）
简介 本课程[https://rockefelleruniversity.github.io/RU_ATACseq/]介绍 Bioconduct...
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ATAC-seq 3专题---生信分析流程ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。...
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【表观调控 实战】二、ChIP-Seq数据从质控到Peaks calling这里是佳奥！让我们继续吧！ 这里使用的示例文件是：antiH3K27ry-1和antiH3K27ry-2，直接Google就可以找到。 不过呢，...
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【表观调控（RNA-Seq和ChIP-Seq联合分析） 实战】一、果蝇参考基因组和原始数据下载这里是佳奥！我们开始新篇章的学习吧！ 本次复现的文章： 代码参考： 1 果蝇参考基因组和注释文件准备 1.1 参考基因组网站 1.2 gtf注释...
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【ATAC-Seq 实战】四、计算插入片段长度，FRiP，IDR值与deeptools可视化这里是佳奥！ 2022年的最后一天，让我们继续ATAC-Seq的学习！ 1 计算插入片段长度 非冗余非线粒体能够比对的fragment、比对率、...
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【ATAC-Seq 实战】一、分析流程
这里是佳奥！我们又开始了新的分析流程学习。 与ChIP-Seq相似，ATAC-Seq也是通过染色质片段来进行表观相关的分析。 我们先来看一下分析...
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