什么是CytoTRACE CytoTRACE（使用基因计数和表达的细胞（Cyto）轨迹重建分析）是一种计算方法，可根据单细胞 RNA 测序数据预...
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CytoTRACE——拟时轨迹分析
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使用CytoTRACE评估细胞干性和分化潜力前言 单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一种重建细胞分化轨迹的有效方法，然而要想同时推断分化的状态与方向是非常具有挑战性的。过去我们经常使...
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R escape包使用 2021-12-29安装说明 escape是BiocManager中的一个库包，当前版本 v1.4.0 (2021-12-29) 只有R 4.0能够安装， 由于平时...
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比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。S...
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使用cellassign包进行单细胞类型注释分析（二）：Assigning single-cells to known cell types with CellAssignBasic usage 这里，我们使用cellassign包自带的示例数据简单演示其基本用法。首先，加载相关的R包和示例数据： 接下来，我们计算...
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使用cellassign包进行单细胞类型注释分析（一）：Constructing marker genes from purified scRNA-seq datacellassign包简介 cellassign基于marker基因的信息自动将单细胞RNA-seq数据分配注释到已知的细胞类型中。它以mark...
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10X细胞类型手动定义||Identifying Cell Types with Loupe Cell Browser细胞定义我们不再多说，用非监督方法聚类后是得到了细胞群体异质性（分了几个群出来），但是这些群都是什么细胞呢？于是出现了许多细胞注释的工具，如我们...
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空间转录组第九讲：利用SingleR进行细胞类型注释
前面我们说过空间转录组技术不是真正的单细胞水平，每个spot会捕获5-10个细胞，这样每个spot里实际上可能存在几种不同类型的细胞。但是对于大...
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SingleR单细胞类型自动注释与celldex参考数据包SingleR包可基于参考数据集，实现对单细胞数据细胞类型的自动注释。celldex包提供若干常用的人/老鼠的注释细胞类型的Bulk RNA-s...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很...
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