背景 参照简书上好多人的方法安装samtools，git啊，安装包啊，一直出各种问题还是没解决。 什么libcrypto.so.1.0.0啊什么...
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2019-08-05 一行代码安装Samtools
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RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法目录 1. 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Qua...
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RNA-seq中的常见问题汇总参考链接：http://www.huangshujia.me/2018/05/26/2018-05-26-How-Does-Sequencing...
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GSE83521/GSE89143去除批次效应老大在群里出的题，说感觉这个热图很诡异，然后中间我自己没有用boxplot查看数据的表达量，对于数据不能有正确的认识，导致一开始的deg的log...
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学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列...
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那令人困惑的比对工具选择啊~
写在前面的废话 我可能不适合做科研，因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~ 刚开始接触二代测序时，是跟着Jimmy大神从RNA-seq开始入...
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转录组PCR去重原始数据查看： grep '^@' ctr.R1.fq | sort |uniq|wc -l27787625 也就是乘以四后的行数，即fq的na...
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Hisat2,bwa,bowtie2,STAR,samtools的index之前只是自己用bowtie2和bwa建过index,直到这个东西的作用就是加快比对到参考基因组上的速度，但是不同比对软件的index是不通用的，...
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比PCA高级的t-SNE也存在缺点原文地址 1.简单介绍 t-SNE(t-distributed stochastic neighbor embedding)是用于降维的一种机器...
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统计-R(相关系数)与R^2(决定系数)傻傻分不清读文献时，有时求相关系数，有时求拟合优度，到底都是什么呢？ 先给结论，R与R^2没有关系，就如同标准差与标准误差没有关系一样。 1. 相关系数（...
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