如题 自由发挥自由扩散
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R语言获取四分位分组\高低表达分组
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TCGA 更新后矩阵整理方式最近TCGA更新了，下载研究一下，我们从TCGA下载STAD的数据，选择其中的一个打开，发现了一个好消息那就是矩阵的整合难度降低了，而且提供TP...
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一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互间的转化 | 收藏教程
PS：如果你需要本教程的练习代码和文档，可以在公众号回复“20220122”即可获得。 前言： 今早看到一篇博文，提到了FPKM与TPM间转化。...
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TCGA数据库下载：多种方法及优缺点介绍在TCGA数据库下载文件有很多种方法： 一.利用R语言下载（本文重点介绍这个） 方法1：TCGAbiolinks包（首推这个方法！！目前没发现明...
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用R语言分析：RNAseq表达矩阵样本的差异性
我们之前介绍了limma包，limma包是对基因芯片表达矩阵的分析，不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析（因为数据特征不同），RNAseq需...
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R语言GEO数据挖掘：步骤四：富集分析KEGG,GO
1.读取第三部存储数据（基因差异表达情况） 2.设定阈值计算基因上调下调数量 3.ID转换 4.得出差异基因 5. KEGG pathway a...
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R语言GEO数据挖掘：步骤三：进行基因差异分析进行基因差异分析 1.读取数据 2.检测数据 3.为每个数据集绘制箱形图，比较数据集中的数据分布（单一某个基因分析） 4.对某种基因在样本中的表...
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ensembl_id转换之两种方法比较
一个基因在不同的数据库有不同的名字：1.Entrez gene ID：我们一般说的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串数字表示...
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TCGA数据挖掘十：风险因子联动图一.加载表达数据,并分组 这里没有按照全部处理，直接加载了处理好的数据，前面处理数据的代码详解看见前面《TCGA数据挖掘一》 真正加载表达数据的...
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TCGA数据挖掘九：lasso回归加载表达矩阵和生存数据 进行lasso回归，找到最佳建模位置 再用得到的最佳的位置去建模 判断预测结果的准确性 后面这段是补充，可以不用看了。。...
专题公告
TCGA分析专题
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