缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎，蛋白质组学也不例外，简单记录下，可能有些地方有其特殊之处。 分析缺失值来源：完全随机缺失（...
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蛋白质组学数据的缺失值填充
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蛋白质组学数据的归一化/标准化处理1.前言 目的：调整由于技术，如处理、上样、预分、仪器等造成的样本间误差。这实际上是一种数据缩放的方法。一般在一个表达矩阵中，会涉及到多个样本，...
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靶向蛋白质组
靶向蛋白质组学针对性地分析复杂样品中的特定肽段，既可以判断肽段或蛋白在样品中的有无（前提是信号高于检测限），又可以对不同样品中的肽段或蛋白进行定...
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【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant1.简介 2016年，德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件（MQ），并发表在nbt上，...
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【5】蛋白质组学鉴定定量软件之PD[toc] 1.简介 PD全称Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件，没错，...
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【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的，2008年初次发表JPR，2014年升级发表NC，免费开源，持续更新维护...
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【3】蛋白质组学鉴定软件之Mascot1.简介 Mascot是非常经典的蛋白鉴定软件，被Frost & Sullivan形容为“质谱数据检索的黄金标准”，更新维护速度也很快（已发布到...
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【2】蛋白质组学鉴定软件之Comet1.简介 官网：http://comet-ms.sourceforge.net/ 1993年开发，持续更新，免费开源 适用Windows/Lin...
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【1】蛋白质组学鉴定软件之X!Tandem1. 简介 X!Tandem是GPM：The Global Proteome Machine（主要基于Web的开源用户界面，用于分析和显示蛋白质...
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蛋白组DIA分析：Spectronaut软件使用指南官方文档： https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf 0. 准备 Spect...
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