1 https://guangchuangyu.github.io/cn/2017/07/clusterprofiler-maize/#disq...
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使用clusterProfiler给非模式物种做富集分析的一些参考资料
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2019-09-02R包第一天：差异分析包（一）edgeR
本文转载自：陈洪瑜的简书英文教程请参考：bioconductoredgeR主要是利用了适用于多组实验的精确统计模型或者适用于多因素复杂实验的广义...
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WGCNA完整流程
完整流程、注意事项、统计原理：http://blog.sciencenet.cn/blog-118204-1111379.html[http:/...
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转录组组装软件：Trinity (转载)原文：转录组组装软件：Trinity视频参考：BroadE: Trinity - How it works和基因课的转录组原理的trinity原...
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STEP8:鉴定全新的lncRNA
这个时候已经不是表达矩阵的事情了，要从新从fastq测序数据开始。对测序后的fastq数据进行转录本的组装。基于组装后的转录本，通过数据库注释去...
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gffcompare的使用说明参考文献：Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HI...
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【基因组学】使用StringTie+gffread鉴定基因的新转录本写在前面 转录组通常被用来寻找差异基因，但是有的时候我们想看一下已报道的基因是否存在可变剪切现象，即新转录本的挖掘，这个时候就需要利用S...
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stringtie merge与gene_id1.不进行merge的pipeline stringtie官方说明文档中说明如果对新的异构体不感兴趣，可以使用下面简单的pipeline进行定量...
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DESeq2详细用法1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummari...
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StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析按：RNA-seq 流程非常多样化，每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是 StringTie 进行组装取得 read counts 数值，DE...
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