部分代码参考自10x genomics官网[what-is-cell-ranger-atac]，但绝大多数代码融入了我自己的思考 1、上游分析（...
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生信 | scATAC-Seq数据获取（超快sra转fq） -
scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）[https://www.jianshu.com/p/90ccb3d24322]scATAC分析神...
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BSgenome 构建自己的参考基因组1. 目的 最近在某个分析的时候，需要BSgenome object，然而我的物种不是常见的物种，是自己组装出来的多倍体物种，因此没法用已有...
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如何提取拟南芥（或非模式物种）基因的启动子序列_基于R_补充部分（getSeq或BSgenome）
在上一篇中，本来说好的是“如何提取拟南芥（或非模式物种）基因的启动子序列_基于R”，结果却只说了提取拟南芥的情况。 这里我再补充下针对非模式物种...
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exomePeak2 使用笔记之自建 BSgenome ObjectexomePeak2 使用笔记之自建 BSgenome Object 最近需要使用 exomePeak2 这个包来对玉米的 RNA-seq 和 ...
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使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十六章)本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用...
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ArchR官网教程学习笔记14:ArchR的Footprinting分析系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：Getting Started with ArchR[https://www.jianshu.com/p...
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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq
Signac是Seurat的一个扩展功能R包，可以用来分析、解释和探索单细胞染色质数据集。目前，Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-se...
专题公告
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