因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合，或...
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STEP6:WGCNA相关性分析 -
简单粗暴，就是WGCNA的流程图和原理
WGCNA的原理如果不掌握的话，就很难在做WGCNA分析的过程中，利用手中的代码去修改参数，就无法得到满意的图图。所以，下面放几篇文献中的WGC...
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呦呦切克闹，WGCNA来一套刘小泽写于18.10.10很早就见过它，但只是不明觉厉，直到昨天才开始认真了解是这样的：昨天上午看了一篇文献，讲冠心病的基因共表达分析，简而言之...
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使用Trinity进行转录组组装Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的RNA-Seq数据 转录组组装...
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使用edgeR进行无重复差异表达分析写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑 转录组入门（7）：差异表达分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析, 所以专门去学...
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RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法目录 1. 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Qua...
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有了TPM，怎么做基因表达分析、相关性分析和主成分分析TPM是RNAseq测序结果里很好的归一化表达矩阵，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多测序公司也开始用TPM作为基因定量单位进行分析了...
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TCGA 数据分析实战 —— 差异基因转录组分析 上一节，我们简单介绍了 CNV 数据的处理以及突变数据可视化。下面我们简单介绍一下转录组数据分析中必不可少的差异基因分析，以及通路富...
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[ht...
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使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集分析葡萄的参考基因组下载自NCBI，下载链接是https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/00...
专题公告
RNA-Seq
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