单基因家族分析 - 专题

继续之前还没有完成的内容。因为最近在学习Y叔的R包--ggtree，所以就顺便拿这个内容来进行展示，作为一个例子来记录。nwk树文件和R代码文件...

2.8 lxmic 0 35

一：准备文件 1.染色体长度文件偷懒直接打开gff文件，前几行就是染色体信息，粘贴出来就好，保存为chr_length.txt 2.Text文...

1.7 多啦A梦的时光机_648d 3 19

1.准备文件即要是1，2是一对串联重复，就将其放在一个文件内。在上一步获得的文件，一对重复基因是一行，所以我们就将两列一行转为一列两行，并以两...

1.3 多啦A梦的时光机_648d 3 10

一：筛选串联重复基因 1.获取NBS的CDS序列将NBS的基因转录本的ID处理，一条基因只要一个CDS。EXCEL-->排序-->去重复-->...

1.7 多啦A梦的时光机_648d 2 16

一：准备文件 1.拟南芥转录本id2.拟南芥gtf文件(不是gff)3.绘图工具：Gene Structure Display Server 2...

2.4 多啦A梦的时光机_648d 7 19

绘制基因家族咋染色体上的位置一：准备文件 1.拟南芥NBS基因ID2.拟南芥gff文件3.拟南芥基因组长度4.在线绘图工具：MapGene2C...

2.3 多啦A梦的时光机_648d 1 44

一：数据准备自己去下载拟南芥的基因组，gff3，CDS序列，pep文件。 1.根据gff文件获得基因位置信息。可以自己用awk抓，也可以写个...

0.6 多啦A梦的时光机_648d 2 11

一：搜索其他保守蛋白结构域需要准备的文件有：NBS蛋白序列，TIR.hmm和RPW8.hmm 二：拟南芥NPS基因家族含有哪些motif 识别...

2.3 多啦A梦的时光机_648d 6 26

一：准备文件 1. 拟南芥的基因组，CDS，蛋白，GFF以及HMM文件。 2.利用HMM文件搜寻pep文件 3.利用clustalw进行多序列比...

2.5 多啦A梦的时光机_648d 3 43

一：NBS基因家族系统发育树 1. 将数据修改一下在拟南芥基因家族分析（一）中我们已经将NBS的pep序列找到了，但是我们发现ID比较长，构树...

0.3 多啦A梦的时光机_648d 0 5