之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的辅助组装，它的最大优势就是输出结果可以对接下游的JBAT(juicerbox with Assembly...
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什么年代了，还在用传统的3D-DNA？
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LD单倍型块图的绘制大家好，今天给大家分享一个软件(LDBlockShow)用来绘制LD单倍型块图。在文献中我们经常看到两类图会用到连锁不平衡，一类是LD衰减图，另...
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R包的查看、卸除、安装与卸载
01. 卸载自己古老的包 查看自己的包 从存的文档中找到自己想要卸载的R包 查看之后上述的包已经被卸载了。 02. 补充部分 查看已加载的包 卸...
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R语言中%||%是什么意思？
不知道大家有没有在R代码中见到过这样的运算符号%||%，看上去有点像或，却又不是。 %||%实际上是rlang这个包中的一个函数，我们来看看它的...
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RNA-seq(5):序列比对：Hisat2比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hi...
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线粒体和叶绿体基因组的组装、注释
组装 GetOrganelle主要用于组装各种质体（叶绿体、线粒体）GetOrganelle github[https://github.com...
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使用OSCA进行eQTL分析Nathan写于20200807。OSCA（OmicS-data-based Complex trait Analysis）是杨老师2019年发...
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多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种...
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maftools使用maftools是对WGS和WES数据进行上游分析之后，进行somatic mutation分析的一个非常好用的包，用非常简短的几行代码即可出图...
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Merqury评估基因组质量一款用于评估基因组质量的新方法 一般用于评估的方法 二代reads 比对率； 偏向于重复序列... BUSCO；仅仅能检测单拷贝 最近，GEno...
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