GeneMarkGeorgia Institute of Technology开发的一系列基因预测工具。真核生物基因组预测主要会用到GeneMa...
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GeneMark-ES/ET安装与模型训练
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基因功能注释根据已有的蛋白库，对从基因组上提取到的蛋白序列进行比对，从而获得相应的信息。 常用的数据库： Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, ...
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基于3D-DNA，ALLHiC挂载二倍体基因组关于3D-DNA，前面已经有简单介绍，本次主要介绍ALLHiC分析流程 ALLHiC的流程主要分为以下5个步骤： Prune: 修剪（二倍体基因...
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基于转录组预测基因预测
本文参考徐洲更hoptop 若有转录组，可从以下方面进行分析 1、 基于HISAT2 + StringTie 首先，使用HISAT2将RNA-s...
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hifiasm对HiFi PacBio进行组装hifiasm是一个能有效利用PacBio HiFi测序技术，在分型组装图(pahsed assembly gprah)中可靠的表示单倍体信息的...
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使用MAKER进行基因注释(高级篇之SNAP模型训练）
训练 ab initio 基因预测工具(以SNAP为例) 对于一个新的物种而言，你大概率是没有一个高质量的基因模型去进行基因预测。但是我们可以利...
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使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练）GeneMarkGeorgia Institute of Technology开发的一系列基因预测工具。真核生物基因组预测主要会用到GeneMa...
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使用MAKER进行基因注释(高级篇之AUGUSTUS模型训练）
准备训练集和测试集 根据Augutus的官方教程，可靠的基因结构序列的要求如下： 提供基因的编码部分，包含上游几KB。通常而言，基因越多，效果越...
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如何用WGDI进行共线性分析(上)多倍化以及后续的基因丢失和二倍化现象存在于大部分的物种中, 是物种进化的重要动力。如果一个物种在演化过程中发生过多倍化，那么在基因组上就会存在一...
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基因结构注释（2）：同源注释同源预测(homology prediction)利用近缘物种已知基因进行序列比对，找到同源序列。然后在同源序列的基础上，根据基因信号如剪切信号...
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