这是目前为止我看到过的关于ATAC-seq的最新综述，感兴趣的话值得一读。2020.4.22更新：我看到一个公众号也翻译了这篇文章，而且正好跟我...
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ATAC-seq生信分析综述翻译(Genome Biology) -
Omni-ATAC文献速读
目前市面上的公司做ATAC-seq基本上采用的都是Omni-ATAC这套Protocal，稳定性比较好。 文献信息 An Improved AT...
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优化ATAC-seq: Omni-ATAC文章题为：An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interr...
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bedGraph，bed以及bam文件格式转换
感兴趣的基因信息包含在bedGraph文件中，下面命令是对其文件格式进行转换，一般进行到bam文件可视化的效果比较好。 1. bedGraph转...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase...
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高通量测序数据处理学习记录（四）：DeepTools学习笔记前言 开题啦，所以需要整合自己之前处理过的数据包括可视化作图，在GALAXY上翻到DeepTools正好有着一点用处，适当的搞了一波事情，顺带记...
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如何使用deeptools处理BAM数据如何使用deeptools处理BAM数据 总体介绍 deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq, ChIP-...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据ngs.plot 主要用于可视化基因组功能区域的高通量测序结果。 #1. ngs.plot 优点 已整理的注释数据：17个物种(21套基因组)，...
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ChIP-seq基础入门理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 ...
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如何使用MACS进行peak callingMACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 这是MACS2的主要功能，因为MACS2的目的就是找peak，其他功能...
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