关于概念问题，很重要 第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同https://mp.weixin.qq.com/s/gLc...
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Chip-seq学习记录 -
ChIP-seq基础入门理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 ...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-6: 怎么选择HOMMER结果中的motif
HOMER 是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。hommer结果中一般包含已知motif富集情况，并且也会对用户提供的序列进行重头预测...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-5.2: ngs.plot 画图工具ngs.plot.r 和 replot.r 参数详解
必需参数 参数参数释义参数示例-G基因组名hg18,hg19,mm9,mm10; 详情参见： SupportedGenomes[https:/...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据ngs.plot 主要用于可视化基因组功能区域的高通量测序结果。 #1. ngs.plot 优点 已整理的注释数据：17个物种(21套基因组)，...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换liftover 是UCSC提供的一个用于不同基因组注释版本间基因组坐标转换的工具。UCSC 提供了一个web版本；数据过多时用起来很不方便，也...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs# findMotifsGenome.pl: 在基因组区域中寻找富集Motifs HOMER 最初设计的目的用于ChIP-Seq peaks 中...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-1: Motif 分析(1) - HOMER 安装
HOMER 是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。HOMER 中的工具是使用Perl 和C++编写的，适用于unix操作系统。基于mot...
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ChIP实验操作以及Chip-seq数据分析ChIP（Chromatin immunoprecitation）是研究体内DNA与蛋白质相互作用的重要工具。 “染色质”就是由“组蛋白和DNA...
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