本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断数据质量，绘制样品的系统聚类树...
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RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型 -
构建自己物种的orgDb
1.首先安装eggnog-mapper软件 注释所需要的物种数据库网址如下，同时也可以用里面的脚本download_eggnog_data.py...
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自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！...
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RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clus...
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RNA-seq入门实战（八）：GSVA——基因集变异分析本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：...
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[富集分析] 4、clusterprofile富集分析--多组设计的富集及可视化1、富集分析的背景知识 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/0b938d0e652c]2、...
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STEP6:WGCNA相关性分析因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合，或...
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转录组DEGs聚类热图和功能富集分析写在前面：经常做转录组分析，就是把差异基因搞个火山图和Venn图看各组差异基因的共有和特有情况。看见有个比较好的选择，能直观比较各种处理带来的影...
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高通量测序数据处理学习记录（四）：DeepTools学习笔记前言 开题啦，所以需要整合自己之前处理过的数据包括可视化作图，在GALAXY上翻到DeepTools正好有着一点用处，适当的搞了一波事情，顺带记...
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eggnog-mapper注释结果COG functional categories频数统计首先下载COG functional categories代码对应的功能描述信息 fun2003-2014.tab，文件位于COGS数据库中。 ...
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