当我们得到差异的探针或者差异的甲基化区域之后，通常都会分析这些差异区域对应的基因是否在特定功能上有富集。在ChAMP中，通过champ.GSEA...

对于甲基化芯片的差异分析，除了有探针水平的差异分析，还有差异甲基化区域DMR分析。 差异甲基化区域的示意图如下： 该图片来自Bumphunter...

经过预处理之后的数据，就可以进行差异分析了。对于甲基化芯片而言，有两个方面的差异分析 DMP 差异甲基化探针 DMR 差异甲基化区域 在ChAM...

分析DNA甲基化的手段有很多，除了甲基化芯片外，还有WGBS和RRBS等实验与高通量测序相结合的手段，不管是哪种策略，都需要对DNA进行亚硫酸氢...

DNA甲基化会调控基因的表达水平，进而影响基因的相互作用。将基因的相互作用网络和差异甲基化信息结合起来，基于那些甲基化水平发生差异的基因，从整个...

bismark 软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点，首先需要对基因组建立索引，建好索引之后，就可以开始比对了。 我用的软件自带的单端测序...

在bismark中，根据甲基化的C所处的上下文环境，分成以下3类； CpG CHG CHH p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个...