1. 通过varscan2探测somatic和germline的突变 对于有normal-tumor的配对样本，varscan通过比较norma...
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Varscan2 通过normal tumor配对样本探测germline突变 -
GATK4 Mutect2 call Short Variant
GATK4 Mutect2 call Short Variant 先来看一下GATK 官网对Short Variant的定义： Short va...
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GATK4流程学习之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)GATK4流程学习之背景知识与前期准备 - 简书[https://www.jianshu.com/p/97e803755fa6]GATK4流程学...
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多个somatic vcf合并成maf
1、安装 vep我是通过conda安装到 /jupyter/bioinfo/, vep可执行文件是在/jupyter/bioinfo/share...
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全外显子测序(wes)数据分析详细流程(小样本)
如果想看大样本的数据处理分析流程请移步总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes)(大样本727个) 分析流程目录如下： 1 wes相关软件下载与...
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WES 分析（从下载数据到IGV）1. 数据下载 SRP077971 选取其中三个wes下载 下载sra数据，每个耗时～25min sra转为fastq.gz(每个耗时～30mi...
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WES(全外显子)分析(上)
感悟： 软件不看帮助文档，不阅读说明书，就只能抄代码，却不知道错在哪里。不想要成为代码搬运工。 1. 分析前工作准备 1.1 创建环境： 1.2...
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GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数...
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GATK4全基因组数据分析最佳实践,我以这篇文章为标志,终结当前WGS系列数据分析的流程主体问题 | 完全代码这是我根据之前的WGS系列和GATK4实践文章进行重新梳理之后确定下来的分析流程，这是一个WGS的最佳实践，它基于GATK4和我的实际经验，稍作...
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GATK4流程学习之背景知识与前期准备GATK4流程学习之背景知识与前期准备 - 简书[https://www.jianshu.com/p/97e803755fa6]GATK4流程学...
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