前言 说到对单细胞亚群进行定义，那对很多分析单细胞数据的小伙伴来说都是最头疼的事情之一了。因为定义细胞的正确与否直接关系到后续分析所有结果的准确...
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Sincast：利用bulk RNAseq定义细胞功能亚群 -
转录组丨limma差异表达分析，绘制火山图和热图
limma差异表达分析 本篇笔记的内容是在R语言中利用limma包进行差异表达分析，主要针对转录组测序得到的基因表达数据进行下游分析，并将分析结...
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全转录组关联分析（TWAS）全基因组关联研究（GWAS）已经确定了数千种与许多复杂特征相关的遗传变异。然而，它们的生物学机制在很大程度上仍然是未知的。最近提出的全转录组关联...
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【miRNA-Seq 实战】一、数据库探索，miRNA芯片数据分析，miRNA-Seq流程认知这里是佳奥！新的篇章！ 我们先从背景知识开始。 1 miRBase探索 miRBase数据库收录miRNA序列： 在download目录可下载：...
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「用一个更复杂的例子，来深入学习DESeq2差异表达分析后的小分析」这篇文章，对Griffith Lab[https://genviz.org/module-04-expression/0004/02/01/Di...
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基于R语言绘制Network几种方式平时对于网络图的绘制，一般我们都会在R中生成边和点列表后导入到Cytoscape和Gephi等的本地工具软件当中，而R语言中也自带有不少优秀的包...
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MonaGO：一款新颖的交互式富集分析web工具
Monash Gene Ontology (MonaGO) 是一种新颖的基于 Web 的可视化系统，它提供了一个直观、交互式和响应式的界面，用于...
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R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。如果是研究...
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RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用 snakemake 写了一个简单的从 raw d...
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小鬼的WGCNA图文详解(一)--软阈值最近有很多人在给他们做完了WGCNA分析之后，跑过来问结果中各种图片的意思。我就整理一下WGCNA分析结果中常见图片的含义吧，如有理解错误，还请...
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