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16s rRNA
收录了9篇文章 · 5人关注
  • picrust1脱坑

    2020-12-22写在前面的话：第一次做微生物实验，尝试各种分析，踩了不少坑，虽然现在picrust1大有被Tax4Fun或其他功能预测方法代...

    0.1 肖ano 0 2
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    vegan包计算PCA结果解读

    inertial：可以是变量总方差（基于协方差矩阵的pca分析），也可以是变量自相关系数总和，等于变量数量。 ·Scaling（标尺）：请不要与...

    肖ano 0 0
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    物种数据转换

    转换思想 接触到16s微生物测序数据的分析，微生物公司给的分析方法是先进行log1p转换，参考Borcard et., al 老爷子的说法，还是...

    肖ano 0 0
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    beta多样性分析方法选择

    如果环境因子会导致微生物种类发生较大变化，可以考虑选用Jaccard和Unweighted UniFrac，而如果环境因子仅仅改变微生物丰度的话...

    肖ano 0 1
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    qiime中OUTs聚类的三种方法

    1、de novo OTU 聚类，是将所有序列直接按照两两之间的相似度，划分成一个个OTU，选取该OTU中丰度最高的序列作为该OTU的代表序列，...

    肖ano 0 0
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    什么是嵌合体？

    在PCR反应中，在延伸阶段由于不完全延伸，就会导致嵌合体序列的出现。如下图所示：在扩增序列Template1的过程中，在序列延伸阶段，只产生了部...

    0.1 肖ano 0 3
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    什么是barcode?什么是index?

    barcode和index是同一段核苷酸序列的称呼。 微生物测序量很少，一般4M reads就就可以了，但是对于高通量测序仪来说一条lane能出...

    肖ano 0 0
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    vim自学笔记

    打开和保存 进入插入模式 快速定位命令 粘贴和复制命令 替换命令 直接在简单模式重替换，可以配合数字对多个字符同时替换； 进入替换模式，屏幕左下...

    肖ano 0 0
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    QIIME1-实操入坑手册

    1. 安装虚拟机及QIIME1 QIIME1官网[https://www.qiime.org] 2. 虚拟机增强功能及共享文件夹 简单，百度都有...

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