RNA-seq看表达量高低是看哪个值？1.Read count(1)数值概念：比对到gene A的reads数。(2)用途：用于换算CPM、RP...
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Read count CPM RPKM
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KEGG分析工具：pathview基本操作什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库，...
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转录组入门(8): 富集分析
我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表...
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使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcf...
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三代测序入门移步github 测序原理 共有的特点： 优点：无需前期扩增，不引入偏向性；读长长缺点：错误率高； 10X Genomics：Illumina二...
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基因共表达网络分析-WGCNA
今天推荐给大家一个R包WGCNA，针对我们的表达谱数据进行分析。 简单介绍：WGCNA首先假定基因网络服从无尺度分布，并定义基因共表达相关矩阵、...
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高通量测序质控及可视化工具包RSeQC本期介绍一个测序质控的工具包:RSeQC包,它提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序尤其是RNA-seq数据.比如一些基本模块;检查序列质量...
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从原始芯片.cel数据到权重基因共表达网络(WGCNA)详细流程看这个之前，可以先看WGCNA的一些理论背景知识[https://www.jianshu.com/p/e102681ec979]看完整个之后可以...
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RNA-seq数据的基因共表达网络分析刘小泽写于18.10.24最近开始写第一篇英文小论文，练练手，为将来写英文大论文做准备 目录 1 背景 Background Types of ...
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差异共表达网络-Co-expression networks写在前面，这篇文章主要整理自于Gene co-expression analysis for functional classification...
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