1.首先安装eggnog-mapper软件 注释所需要的物种数据库网址如下,同时也可以用里面的脚本download_eggnog_data.py...

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利用clusterProfiler进行富集分析时,发现网上没有物种包OrgDb,利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书,特别感谢一下!!...
什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库,...
对于集合的可视化,第一时间想到的都是韦恩图(venn diagram),一般集合不超过5个的时候,可视化效果还是不错的 但是一旦数据集增加,比如...
现在手里有一批NGS测序,经初步比对,95%的序列是细菌,比对到人的特别低,因为建库的时候没有做去rRNA处理,导致绝大部分序列是rRNA序列,...
导读 转录组测序一般期望得到的是mRNA的信息,但是总RNA当中绝大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是无用的,所以需要去除总RNA中的rRN...
导读 HUMAnN(全称HMP Unified Metabolic Analysis Network)最早由Curtis Huttenhower...
今天的主要内容是实现下面这幅图 做完聚类分析通常可以选择树形图来展示聚类分析的结果,之前公众号也分享过一篇文章 。如果样本数不是很多,可以选择矩...
文献信息:标题:Microbial abundance, activity and population genomic profiling w...
宏基因组学(metagenomics)是一种以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象,利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生...
专题公告
微生物宏基因组