1.首先安装eggnog-mapper软件 注释所需要的物种数据库网址如下，同时也可以用里面的脚本download_eggnog_data.py...
投稿
收录了27篇文章 · 14人关注
-
构建自己物种的orgDb
-
自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！...
-
KEGG分析工具：pathview基本操作什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库，...
-
UpSetR：集合可视化神包对于集合的可视化，第一时间想到的都是韦恩图（venn diagram），一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的 但是一旦数据集增加，比如...
-
宏转录组分析现在手里有一批NGS测序，经初步比对，95%的序列是细菌，比对到人的特别低，因为建库的时候没有做去rRNA处理，导致绝大部分序列是rRNA序列，...
-
宏转录组分析：SortMeRNA鉴定过滤rRNA导读 转录组测序一般期望得到的是mRNA的信息，但是总RNA当中绝大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是无用的，所以需要去除总RNA中的rRN...
-
宏基因组 + 宏转录组分析工具：HUMAnN导读 HUMAnN（全称HMP Unified Metabolic Analysis Network）最早由Curtis Huttenhower...
-
组装 → 分类注释→下游分析， 按步骤帮你整理宏基因组生信分析工具
土壤微生物组分析工具 2020年1月出版的SpringerBriefs in Environmental Science丛书（电子版）《Unra...
-
R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果今天的主要内容是实现下面这幅图 做完聚类分析通常可以选择树形图来展示聚类分析的结果，之前公众号也分享过一篇文章 。如果样本数不是很多，可以选择矩...
-
mOTUs2分析微生物丰度、活力和群落基因组文献信息：标题：Microbial abundance, activity and population genomic profiling w...
专题公告
微生物宏基因组
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1924595/aHR0cHM6Ly9tbWJpei5xcGljLmNuL21tYml6X2pwZy9Sb3pVQ1FXbW9vaDlZdk1aRmJuVElIZWlhWWlhUXUyVzdCUHVBMDc1eHVVM0RrZ0ZwcUhuZnk3RmxqaWE1bTlmdEpySlpJaWJwV1owczVaT3JoWFZvSWM5NGcvNjQw.jpg', '推荐专题《metagenomic》（ 分享自 @简书 ）','https://jianshuapi.com/c/2adbd62290b0?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}