用在转录组RPKM计算上1载入GTF文件 2通过exonsBy获取每个gene上的所有外显子的起始位点和终止位点，然后用reduce去除掉重叠冗...
投稿
收录了9篇文章 · 1人关注
-
计算基因长度
-
提取基因长度genelength
# 下载gtf：选择的是ensembl的GRCh38.94.gtf： 下载地址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/releas...
-
6、无重复差异基因分析（edgeR包的使用）1）简介 edgeR作用对象是count文件，rows 代表基因，行代表文库，count代表的是比对到每个基因的reads数目。它主要关注的是差...
-
【RNA-seq自学06】样品分析之序列比对STAR安装 conda install STAR 建立索引 STAR--runThreadN6\--runModegenomeGenerate\#工作...
-
5、RNAseq(5)--reads count(htseq-count)与基因注释（bioMart）理论基础 在上篇的比对中，我们需要纠结是否真的需要比对，如果你只需要知道已知基因的表达情况，那么可以选择alignment-free工具（例如s...
-
4、RNAseq(4)--Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化概况：使用处理后的fastq文件和基因组与转录组比对，确定在转录组或者基因组中的关系。在转录组和基因组的比对采取的方案不同。分别是ungappe...
-
3、RNAseq(3)--对RNAseq测序数据的质量控制（fastqc）质量汇报生成与读取 fastq质量汇报 使用命令fastqc -o 来进行质量报告。 需要注意的是./fastqc前面的"."不可以省略 ...
-
1、RNAseq (1) 生信分析软件安装—conda的安装与使用conda简介 Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda ...
-
2、RNAseq(2)--测序原始数据处理（Clean data）1、fastq文件 一般我们从公司里得到的原始测序数据都是属于fastq.gz文件, .gz是一种压缩格式的缩写，于是首先第一步是对这些压缩格式...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1934505/7a899e510fb30f247a117667c895d143ac4b03ce.png', '推荐专题《RNAseq》（ 分享自 @简书 ）','https://jianshuapi.com/c/2a83e38ab96c?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}