单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析） -
单细胞问题汇总入门必读：https://www.jianshu.com/p/85e2e38df673 Q1:有的群2个或者3个不同细胞类型marker高表达，...
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提取Seurat数据做GSEA（Linux版）在Linux上跑GSEA只是工程需要，在Windows上不能批量的跑；在单细胞数据上跑GSEA那是客户的需要。有需要就需要被满足，我们今天介绍一...
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Cell Ranger 5.0系列之一——Cell Ranger 5.0 官方更新说明笔记
2020.11.19 Cell Ranger更新到了5.0版本。官网的更新说明包括以下三个部分： 一、关于基因表达和Feature Barcod...
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生信星球小练习—批量读取10X数据刘小泽写于2020.8.13主要分为两个部分：前面用linux处理，后面用R处理 下载数据 选用的10X测试数据是：https://www.nc...
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拟时序分析简要内容--拟时序分析的定义--结果解读--------做出结果（cluster、state）--------确定起始点--------做sta...
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cellranger实战2：非正常数据之仅有bam文件我所理解的cellranger软件理想原始输入数据就是SRA格式，然后利用sra-tools分为read、barcode+UMI、index三个...
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单细胞轨迹（拟时间）分析软件方法选择指导原则作者：seqyuan链接：单细胞轨迹分析知多少--拟时间分析比较来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 单细胞转录组、蛋...
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【单细胞转录组】TooManyCells识别并可视化单细胞进化枝简介： https://www.nature.com/articles/s41592-020-0748-5 https://www.biorxi...
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10X bam文件按barcode分割
最近遇到一个需求是将10X单细胞测序数据按照barcode分割，一般分割文件我们首先想到bamtools split,具体用法可以参考之前记录过...
专题公告
小白入门学习，收录经典分析流程
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