RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同 现在常用的基因定量方法包括：RPM, RPKM, FPKM, ...
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RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同
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RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络构建（上）——STRING数据库的使用本节概览：1.STRING数据库基本介绍2.STRING R语言版——STRINGdb的使用：①STRINGdb数据库导入 ②获取STRING_...
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等位基因特异性表达(ASE)及顺反式调控研究的相关分析整理
在对动植物杂交种（或F1子代）的基因组和转录组的关联研究中，要回答这么一个问题：基因组变异到底与基因表达有什么关系？ 这个问题很难，因为涉及影响...
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转录组DEGs聚类热图和功能富集分析写在前面：经常做转录组分析，就是把差异基因搞个火山图和Venn图看各组差异基因的共有和特有情况。看见有个比较好的选择，能直观比较各种处理带来的影...
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一文读懂LncRNARNA缩略词详解 lncRNA：长链非编码RNA（long non-coding RNA） miRNA：微小RNA（microRNA） circ...
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RNA 速率学习笔记最近学习画单细胞的拟时序轨迹图，有一些收获。大家经常使用的一般是monocle，DPT等；RNA velocity是一个比较复杂的方法，它通过细...
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小RNA预测前面步骤准备文件及软件 ViennaRNA-2.4.17（重要） ncbi-blast-2.9.0+ bowtie miRDP2-v1.1.4_pipe...
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使用blastn鉴定lncRNA中可能是miRNA前体的序列最近在看植物长链非编码RNA的论文，其中一个分析步骤是鉴定lncRNA中可能是属于miRNA前体的序列 基本步骤是从 miR Base 数据库下...
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04. EdegeR Limma DESeqIntroduction 除了利用ballgown流程，目前比较流行的方法还是通过序列比对和计数获得的计数矩阵，然后用广义线性模型去评估和处理这...
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lncRNA分析笔记1
来自(https://github.com/Dukunbioinfo/pipeline-for-lncRNAs/blob/master/lncR...
专题公告
RNA相关分析，RNA-seq等
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