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变异检测
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    更新AnnotationHub对应数据库

    最近在使用AnnotationHub下载Orgdb数据时遇到了一个问题，使用模块更新数据后发现日期停留在了2018年，数据没有更新。现在很多分析...

    0.7 xiaoji_hb 4 5
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    cytoscape绘制互作网络图

    对于蛋白网络互作图，一开始会首先使用string数据库进行分析，但是碍于数据库中收录的物种限制，有些物种并不能做。此时可以考虑使用cytosca...

    1.5 xiaoji_hb 0 11
  • 长染色体bam索引创建及变异检测

    在变异检测的所有阶段，都需要对文件进行索引，不管是输入的基因组文件，还是输出的比对结果和变异结果文件。不同的软件处理会生成不同的索引，供后续不同...

    0.8 xiaoji_hb 4 6
  • gatk4使用总结

    昨天看了gatk的官网，从2018年发布正式版的4.0.0开始，到现在已经更新到4.1.8，在速度和准确度上都有了大幅的提升。gatk4除了整合...

    2.3 xiaoji_hb 11 29
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    bwa比对结果(bam/sam)中的cigar信息

    bwa全名Burrow-Wheeler Aligner，是一款将短测序序列比对到参考基因组的软件。主要包括三种算法，分别是BWA-backtra...

    0.8 xiaoji_hb 0 8
  • 多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools

    vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种...

    6.1 xiaoji_hb 1 58