第一个任务：任意物种拿到转录本ID 与基因ID的对应关系列表 从ensemble数据库中下载了Human的基因组注释文件gtf文件 1.下载Hu...
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2019-07-31如何获取转录本ID和基因ID的对应关系--生信技能树 -
Trinotate 半自动快速安装与部署Trinotate半自动化安装与部署，绕过wget那可怜的下载网速。因为自动配置数据库部分用到了wget ，我租用的服务器上wget 下载过慢，...
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DESeq2差异分析need:表达矩阵 分组矩阵，值要是整数 DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似...
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在stringtie结果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官网[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提...
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DESeq2差异基因分析和批次效应移除差异基因鉴定 基因表达标准化 不同样品的测序量会有差异，最简单的标准化方式是计算counts per million (CPM)，即原始read...
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FDR 和 q-value
| 转载自G. Corey Shan 的 FDR 和 q-value 最近在做一个肝癌预测的项目，建模使用的数据源在The Cancer Gen...
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RNA-seq(9):功能富集分析这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不...
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[基因组工具]seqkit的使用
SeqKit的学习 --20191017 软件的介绍 SeqKit是一种跨平台的、极快的，全面的fasta/q处理工具。SeqKit为所有的主流...
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教程 | 简单粗暴的叶绿体基因组 SNP Calling 流程写在前面 最近主要忙一些植物群体基因组数据的项目。前面提过，赶时间，全基因组的 SNP Calling 使用 GATK 流程，还是需要跑上两三天...
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多个Sanger测序结果和多序列比对结果的可视化写在前面 转眼五一假期就要结束。事实上，在每一个假期，我总是有一些想做的事情，比如完成某个分析任务？或者是写一个不错的工具。今次假期比较特殊，我...
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