在分析生物学问题时， 我们会想着从多个角度入手分析样本。当我们拥有多种不同的组学数据的时候，组学的独立分析忽略了不同特征之间的关系，可能会遗漏关...
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mixOmics -
一文读懂Ka/Ks
什么是Ka/Ks The ratio of the number of nonsynonymous substitutions per nons...
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使用kmer来评估基因组特征。1、基本定义 k-mer：在reads上，从第一个碱基开始，一个碱基一个碱基地移动，截取长度为k的DNA序列，称为k-mer。 2、重复序列 在...
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文献笔记五十一：野生柑橘基因组与柑橘的驯化历史
论文 Genome of wild mandarin and domestication history of mandarinMolecula...
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系统发育比较分析—R系统发育树是研究物种进化历史必不可少的信息，我们可以利用它得到一些重要历史线索，如： 生物多样性（物种形成或灭绝）； 物种性状进化与多样化（Ch...
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ebi的生信培训课程
最近逛twiiter的时候，偶然发现有位老姐分享了关于植物的生信培训课程。 点进去地址的时候，发现是这个样子的。可以看到EBI还有很多网上培训课...
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[数据库] 肿瘤位点相关数据库肿瘤研究相关数据库： 最经典的Cosmic数据库COSMIC 全称：Catalogue of somatic mutation in cance...
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如何定义基因下游的区间
首先基因下游是什么？ 我们知道上游很重要啊，因为可能会调控转录，但注释的时候，没有上游这个东西，为什么呢？因为转录起始位点TSS的上下游被定义为...
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在终端下调用IGV进行截图
安装指南 保证你的服务器已安装如下软件 Python2.7+ 或Python3+ bash IGV Xvfb xdpyinfo Java 之后从...
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利用NextDenovo进行三代组装（四个组装软件结果比较）一：下载安装 需要注意的是这个软件运行需要Python2的环境哦。然后安装好了记得加环境。这次用的是大肠杆菌的一个pacbio数据做的测试。 二...
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