前言 GATK是由Broad institute开发的用于变异检测(例如: SNP, Indel等)高通量测序数据. 目前GATK已经被广泛应用...
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GATK Best Practices for RNA-Seq -
conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问...
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NGS中的几个为什么(持续更新)
参考试论NGS数据的Duplication问题初步分析PCR duplication的情况仔细探究samtools的rmdup是如何行使去除PC...
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ID转换之---ID是什么,BioMart咋转？ID转换？系统了解下ID ENSEMBL ID五部分组成：ENS（物种）（对象类型）（标识符）.（版本）第一部分“ENS”告诉您它是一个Ense...
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5 一步法找基因变异流程
1 先查看sam文件 随机选择3个 再看另外一个： 关于samtools mpileup的具体用法和结果解释请看 2 最简单的找变异流程 ali...
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ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频) 数据来源的文章： The landscape of accessible...
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Bedtools使用欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2018/04/bedtools/Jump to... 内容摘要 功能列表 ...
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WGS分析笔记（3）—— bam文件的处理上一篇记录了mapping这一步的软件选择，也讲到了对于sam文件如何考虑MAPQ的过滤，这篇我主要想记录一下bam文件在进行call va...
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GATK4.0的更新从去年开始，就一直在使用GATK（GenomeAnalysisToolkit）进行人类基因组的SNV Calling工作。后来从官网上得知即将有...
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GATK4全基因组数据分析最佳实践,我以这篇文章为标志,终结当前WGS系列数据分析的流程主体问题 | 完全代码这是我根据之前的WGS系列和GATK4实践文章进行重新梳理之后确定下来的分析流程，这是一个WGS的最佳实践，它基于GATK4和我的实际经验，稍作...
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