目录介绍环境配置OrthoMCL使用统计聚类结果最后 介绍 OrthoMCL是一款直系同源基因聚类软件, 它不仅能得到多个物种共有的直系同源基因...
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「生信」同源基因分析——OrthoMCL -
Count分析基因Gain/Loss/Duplication文献标题：Count: evolutionary analysis of phylogenetic profiles with parsimon...
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OrthoFinder寻找同源基因并建树提到寻找物种之间的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL...
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MrBayes构建贝叶斯树
1.前期准备 构建贝叶斯树需要用到的软件有phylosuite(序列准备)、iqtree2(最适模型查找)、mrbayes(构建贝叶斯树)。 2...
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宏基因组 - (2)基于基因相对丰度计算α/β多样性-1.仅作笔记使用 我所用到的所有脚本可以+Q索要 请实名，名字+学校+方向 0. 首先需要获取基因的相对丰度表，这里可以略参考 宏基因组-(1...
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序列比对工具 | BLAST、 BLAT、 diamond基本概念 相似性（similarity） 一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其他一些合适的度量 如：A序列和B序列的相似性是80...
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diamond比对以及结果数据处理
利用diamond比对数据 注意：diamond在无root权限的linux运行比对命令时需要加参数-t /dev/shm创建临时文件 注意事项...
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基因BIN来源分析（一）cd-hit去冗余，salmon计算基因TPM
导读 humann中有一个模块可以进行基因物种来源分析，但是内部怎么分析的。如果能获得每个物种的基因序列文件，那么不用humann也能进行此分析...
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RPKM、FPKM、TPM的区别简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱...
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基因家族鉴定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章将介绍 ①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较 ②blast、mmseqs、diamond、hmme...
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