一：利用pilon软件进行二代数据对三代数据polish 1.下载最新的pilon包 编译的时候发现报错 可以看到这里执行java的版本低于被编...
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对组装之后的三代基因组进行polish
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使用Canu=1.8拼接基因组的参数设置
Canu 参数调整 For all stages: 所有阶段 rawErrorRate is the maximum expected diff...
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「生信」三代基因组De novo assembler —— Falcon(试运行篇)目录关于 Falcon部件介绍组装流程Connection within HGAP4 vs falcon vs falcon-unzip安装及测...
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「三代组装」使用新版Falcon进行三代测序基因组组装这里的新版指的是PacBio公司在2018年9月发布pb-assembly, 而这篇文章是在2018年9月30日发的。 今年早些时候在参加三代培...
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生信小白学习系列：如何进行基因组组装？(1)
随着测序的发展，越来越多的生物体被进行基因组进行测序，这些测序的reads，再被用于组装或者其它相关的研究。基因组序列组装是一个研究的起点，如果...
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「三代组装」使用Canu对三代测序进行基因组组装Canu简介 目前Canu已经更新到2.0版本，本文用的是Cau1.6版本，一些参数可能存在变动，请注意分辨。 Canu是Celera的继任者，...
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如何从BAM文件中提取fastq虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这...
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canu - 三代测序组装工具canu - 三代测序组装工具 本文大部分参考来自于大神hoptop - 「三代组装」使用Canu对三代测序进行基因组组装的简书，在此说明一下。...
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「三代组装」使用Falcon对三代测序进行基因组组装Falcon是PacBio公司开发的用于自家SMRT产出数据的基因组组装工具。Falcon分为三个部分： HGAP：PacBio最先开发的工具，...
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