在下部分中，我们将研究如何使用 R/Bioconductor 识别开放区域中的变化。 在这里，我们将采用类似于 Diffbind 中的方法，并在...
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ATAC-seq分析：差异分析（10） -
第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools学习目标： 探讨ChIP-seq数据质量低的来源 理解链交叉相关性（ strand cross-correlation） 使用phantompe...
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第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC1. 学习目标 讨论ChIP-seq数据质量评估的其他方法 用ChIPQC产生质量统计报告 鉴定低质量数据的来源概览图Additional Qu...
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第9篇：差异peaks分析——DiffBind学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异p...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化上一步骤（第6篇：重复样本的处理——IDR）用IDR对重复样本peaks的一致性进行了评估，同时得到了merge后的一致性的peaks——sam...
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第3篇：用MACS2软件call peaks学习目标： 学会用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的结果 Peak Calling Peak callin...
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第2篇：原始数据的质控、比对和过滤这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。 ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得...
专题公告
染色质可及性测序
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