使用genomicfeatures来构建txdb对象，首先就是安装对应的包 if (!requireNamespace("BiocManager...
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植物构建txdb对象
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GO，KEGG，DO 富集分析
what is Gene Ontology(GO) 基因“本体论” 对事物的分类描述，对基因的分类描述对基因的描述 1、cellular com...
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学习一遍ChIPseeker的使用刘小泽写于2020.5.23-24Y叔的原文在：https://mp.weixin.qq.com/s/3CMj0xejiV-FSMC-Vxd_-...
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GO，KEGG，GSEA富集分析笔记
what is Gene Ontology ?——基因本体论 1 ， 什么是本体论？简单来说，就是我们对一个具体事物进行分类并予以描述。例如：猫...
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GO、KEGG富集分析——DAVID与KOBAS在线分析工具在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介...
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clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集的转录组R包写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG Wang, Y Han, Q...
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使用clusterProfiler包对非模式生物进行GO和KEGG的富集分析
clusterProfiler包是Y叔开发的一个强大的能进行多种功能富集的R包，对于有OrgDb或AnnotationHub中收录的物种进行GO...
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「Bioconductor」让我们愉快的为自己做一个物种包吧
做植物是一件比较艰苦的事情，不但资源少，而且有限的资源未必还能用的好，就拿Bioconductor上的注释包来说吧，我在「Bioconducto...
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统计 | 结合clusterProfiler理解GO富集分析OrgDb库 enrichGO默认gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的类型（ENSEMBLE，SYMBOL等）都可以通过...
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非模式生物KEGG富集分析写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。...
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