主要分享一些自己的学习过程，以菜鸟干货为主，大家有问题可以在我的博客交流(打赏也是)<br><br>
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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差异表达分析——DEseq2差异基因筛选的常见方法有edgeR, DEseq2, EBseq等，这篇文章主要介绍DEseq2。 官方网站：https://bioconductor.org/package...
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关于Error in `[<-`(`*tmp*`, g, p, value = ifelse(M[g] %in% sub2$genes, 1,: subscript out of bounds报错
我在使用GOplot包的函数chord_dat时发生了报错 我在跑chord <- chord_dat(circ, genelist, go$Term)命令时，报错如下： E...
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程医生，您好，我想问一下您在HaplotypeCaller这一步后，就直接进行call snp了吗，不需要进行，GenomicsDBImport吗
2020-07-17靶向捕获测序数据分析记录4
查看下后台运行的程序情况： 已经成功转换的bam文件有250个，其中231个已经完成碱基质量值矫正，下一步则是HaplotypeCaller，参考之前的练习https://w...
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复旦大学研究生在读，方向：神经疾病，基因组学，邮箱：shiyuant@outlook.com，文章完整系列个人主页：tongshiyuan.github.io
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生信阿拉丁，为实用而生
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明天继续分析在哪呢😋
2020-07-23 靶向捕获测序数据分析记录5
写在前面：从7月16日开始到PICU轮转，前天跟值了一个夜班，可能是新人比较旺的缘故，从中午就开始收病人，一直忙到凌晨3点多，昨天早上6点过就起来干活查完房开完医嘱，写完病程...
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WES(全外显子)分析(中)1. 注释annovar 2. IGV可视化 2.1 建立索引 2.2 目标基因选取由于背景知识薄弱，不知道chr1，chr2上对应有哪些基因，故找到gtf注释文件，选取一段...
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你好，很抱歉打扰您了，我想问一下GenotypeGVCFs这一步，我运行之后，报错：A USER ERROR has occurred: Couldn't create GenomicsDBFeatureReader Caused by: java.io.IOException: GenomicsDB JNI Error: GenomicsDBConfigException : Syntax error in JSON file /home/yang/two/12/gvcfs_chr1.db/callset.json ，您知道是什么原因吗，我研究了一周了，也没弄明白
WES(全外显子)分析(中)
1. 注释annovar 2. IGV可视化 2.1 建立索引 2.2 目标基因选取由于背景知识薄弱，不知道chr1，chr2上对应有哪些基因，故找到gtf注释文件，选取一段...
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@程凉皮儿 好的，谢谢您
学习WES数据分析流程
参考学习资料：笔记视频教程知识库 首先安装软件 先安装conda，使用清华的conda，说明书：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/he...
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科学院小硕一枚<br>细胞生物学专业<br>爱好摄影
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植物：<br>细胞遗传<br>系统进化<br>wudandan90@163.com
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