新的系列系列教程[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]已上传，大家可以去看新的教程 1.orthofinder介绍 OrthoFin...
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利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树 -
祖先状态重建—揭示物种性状的起源与演化我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在鞭子的抽打下前进或停止，那么最...
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非模式生物重复序列注释 RepeatModeler2+RepeatMasker4首先安装RepeatModeler2,RepeatMasker4建议直接去官网下载，解压安装。同时安装其他包。安装流程这里不详细介绍了，网上有很多。 假设现在已经安装完毕，并...
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TBtools | 基因家族分析 (进化树、Motifs、结构域)再次体验一下TBtools的强大。使用TBtools对基因家族进行分析，进化树、Motifs 、结构域和基因结构多图合一。 一、数据准备 1.基因组组装结果fasta格式 2...
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使用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...
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ggplot2：如何优雅地绘制箱线图数据可视化是将数据直观展示出来的一个必不可少的步骤。ggplot2是一个非常常见的绘图R包，在文献中，我们常常会看见用漂亮箱线图来展示原始数据的分布。这里我们就用一个基因表达...
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无参转录组序列组装 — Trinity转录组分析策略 转录组分析策略根据有无参考转录组可以分为两类： 有参比对—定量—差异分析—功能富集分析等 无参组装—定量—差异分析—功能富集分析等image 无参考转录组序列...
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转录组分析实战第五节：EdgeR对表达量矩阵进行基因表达差异分析通过前期的基因定量，我们通过RSEM或者Kallisto这些工具得到了每个基因或者转录本的表达量矩阵。输出的矩阵包含了基因以及在各个样本中的表达量信息，这些信息将为我们后期判...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】该教程分为2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】 因为之前碰到...
