●选择信号：生物在自然选择或人工选择过程中，由于选择作用在基因组上留下的遗传多态性降低、连锁不平衡等选择印记。●选择性清除（selective sweep）：受选择基因座位的...
IP属地：四川
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群体适应性分析——选择信号 -
GATK4.0-vqsr
转载GATK4.0和全基因组数据分析实践（下） 原创：矿工碱基矿工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据（Fastq...
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基于单体型haplotypes的群体选择信号的检测——EHH & iHS
基于单体型haplotype的选择信号的检测。在selective sweeps选择过程中，有些强烈受到选择的位点variants由于LD的因素会连带着其附近的位点varia...
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潜在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群体（区别于强人工选择）中，如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性，随着环境变量的改变而变化，则这些环境变量往往反映了环境作用于个体表型的选择...
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冗余分析（RDA）——R包vegan从概念上讲，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是响应变量矩阵与解释变量矩阵之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA分析，也是多响应变量（multi-...
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bayenv2.0 检测环境相关变异位点bayenv是一种贝叶斯方法，通过检测等位基因频率和生态变量之间的相关性或地理区域之间的极端等位基因频率差异来识别适应当地环境的位点。该方法可以从一组基因组变异中估计种群之间...
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学习笔记<br>研究方向: 植物群体遗传学<br>
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群体遗传
一、个体对群体遗传组成的影响 生物进化是群体遗传组成随着时间的变化而变化。我们的群体由不同的杂交个体组成，其遗传组成由每个个体携带的基因组组成。由于个体死亡或个体进出人口的迁...
