整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组...
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使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图 -
ChIP-Seq: DiffBind无control，无重复样本
DiffBind的使用有前辈已经写的很详细了，可以参考下： https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=224...
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ATAC-seq分析干货-2
作者 | Arno审稿 | 童蒙编辑 | amethyst 上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。ATAC-Seq能帮助我们从全基因组范围内推测可能的开放染色质位点...
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第3篇：用MACS2软件call peaks学习目标： 学会用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的结果 Peak Calling Peak calling即利用计算的方法找出ChIP...
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ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频) 数据来源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...
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NGSQC Toolkit(转录组分析之data cleaning）
NGSQC Toolkit用于进行高通量测序数据的质量检查和数据过滤，具有去接头，去除非ATGC碱基，去除低质量碱基和reads等功能 1安装 下载NGSQCToolkith...
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并预计表达水平 3、SAM tools 课上已经用sudo a...
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R：FactoMineR做PCA本文摘自：R 语言主成分分析(PCA)实战教程[https://mp.weixin.qq.com/s/uQPCPh09XXQiz9Iau9p5Fg]方便个人学习和查阅 安装依...
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R绘图：ggplot2绘制火山图火山图是测序分析报告中最为核心的图片之一。绘制火山图的方法有许多，Excel和第三方软件等，本文主要运用ggplot2和ggrepel两个R包演示[1][2]。横坐标为Fol...
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TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具无论是Windows，MacOS, Linux桌面的用户，你都可以也会使用。 写在前面 伴随基因组测序的普及，越来越多物种的基因组测序项目开展并报道，为科研工作者提供了更为全...
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【必学Bioconductor包300个】GenomicRanges导航：A. 简介B. 操作An Introduction to the GenomicRanges PackageC. 常见问题Biostars A. 简介 The Geno...
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