生信分析 - 文集

生信分析

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R包安装的一些经验总结
在安装R包的过程中，经常会遇到conda安装不上的情况场景：R虚拟环境的迁移有的时候老的R包版本过低等问题，导致环境直接迁移会出现问题然后，...

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生信分析中功能注释常用数据库下载地址 --- 持续更新
更新于： 2023-01-18 多线程下载工具axel的安装和使用 Uniref90 : Diamond 数据库格式的文件http://cmpr...

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kofamscan Conda 安装
step 1 : conda安装 kofamscan 及其依赖 conda 会自动安装软件需要的依赖 hmmer ruby paralle...

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xargs -i sh -c
通常使用shell去运行脚本，两种方法 : bash xxx.sh bash -c "cmd string" 对于bash xxx.sh, 首先...

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Linux 多进程命名管道
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minimap2 + samtools 比对参考序列，并提取unmapped reads
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snakemake -- 学习
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bmtagger -- 比对宿主数据库
查看帮助文档 bmtagger.sh -h 原始数据去宿主去除人类宿主序列最会生成{sample}_1.fastq 和 {sample}_2...

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